Всем привет! С того дня как я перешел на Ubuntu 12.04, иконка Skype не отображалась в трее. Пользоваться так Skype практически невозможно. Погуглив оказалось, что такая проблема встречается и в более ранних Ubuntu (Unity).
Проблема оказалась в трее Unity. В трее могу отображаться приложения только из белого списка. Исправить это можно следующей командой:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"
Эта команда разрешает отображение в трее любых приложений.
Удачи!