Часто возникает проблема не только в правах, но и в принадлежности файлов/папок пользователю/группе вебсервера. Пример установки прав на папки и файлы сайта для пользвателя bitrix:
cd ~/www
find . -type d -exec chmod 755 {} \;
find . -type f -exec chmod 644 {} \;
find . -type d -exec chown bitrix:bitrix {} \;
find . -type f -exec chown bitrix:bitrix {} \;